En la planta T1 iniciamos el recorrido temático donde veremos: Armas de fuego portátiles, Armas blancas, Banderas e Historia de la artillería.
Aquí es donde está la Puerta Omeya de gran interés y que proviene del Siglo X.
En la planta T2 seguimos viendo varias dependencias que son: Orígenes del museo, La uniformidad del ejército, Colección de la casa Ducal de Medinaceli, Museo romero Ortíz, Fotografía histórica, Condecoraciones, Las miniaturas y La historia del Alcázar.
Antes de subir las escaleras hacia el Patio de Armas encontramos la Cripta del Alcázar.
Una vez que subimos estas escaleras nos hallamos ante el impresionante Patio de Armas donde en su centro se sitúa la estatua del Rey Carlos I (V de Alemania) y desde este patio se sale a la terraza que da a la fachada del lado norte donde se abre la gran puerta con el gran escudo imperial. En la fachada del lado sur está la gran escalera imperial.
Planta H1, por la que vamos a recorrer la historia de España con: La monarquía hispánica (1492-1700), La monarquía ilustrada (1700 – 1788) y Liberales y Absolutistas (1788 – 1843)
Unas escaleras nos conducen a la Capilla Imperial donde se abre la gran Tienda Indo-Portuguesa de Carlos I (V de Alemania)
Planta H2, para terminar pasaremos por: El Estado liberal (1843 – 1874), La restauración monárquica ( 1874 – 1923 ) y El Siglo XX.